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Joyeux parasites et bonne année

L’anti-héros de l’histoire… (Venom, 2018, Sony Pictures)

J’avais raté le film Venom lors de sa sortie, mais quelqu’un me l’a récemment conseillé, alors j’ai fait du rattrapage. Très bon tuyau ! Si on aime les films de super-héros, la SF ou juste les histoires un peu déjantées, il y a de quoi passer un bon moment.

Mais ce film est intéressant aussi à un autre niveau, et je ne parle pas du message politique qui court tout au long de l’histoire sur les mégacorporations, le militarisme et la xénophobie. On m’avait parlé des thèmes anti-Trump du film, mais le « méchant » est plutôt une espèce d’Elon Musk sous acide : un génie avec sa propre flotte de vaisseau spatiaux et un furieux désir de se hisser sur le piédestal d’un dieu. Tout cela est assez banal, mais ce qui l’est moins, c’est que la « créature » ne finit pas comme celle de Frankenstein : le mot clef ici est « symbiose »…

Et c’est là que j’ai vraiment apprécié le film, pour cette représentation fascinante de deux organismes en train d’essayer d’occuper le même espace au même moment. Qu’est-ce d’autre, sinon ce qui se joue à chaque instant dans notre corps, au niveau le plus fondamental ?

Prenez le microbiote, par exemple. On a tous entendu parler de ces bactéries commensales qui logent dans notre injures et nous aident à tirer partie des aliments. Mais il n’y a pas que l’intestin : la surface de la peaux et des muqueuses, tous les replis et anfractuosités sont colonisés par des bactéries qui ont le grand intérêt pour nous d’occuper le terrain et de rendre plus difficile pour des organismes pathogènes de s’y installer. Il y a à peu près autant de cellules microbiennes sur et dans le corps humain qu’il n’y a de cellules du corps lui-même. (Les premières estimations, qui donnaient un rapport d’une cellule du corps pour 10 de microbes, étaient surévaluées, mais c’est déjà une quantité impressionnante.)

Quand, dans le film, on voit le « Symbiote » lutter avec un hôte potentiel, quand ils se disputent au sujet de la nourriture nécessaire pour leur survie à tous deux, ou que le Symbiote commence à consommer les organes de l’hôte, c’est un peu ce qui se passe au niveau de nos tissus avec, mettons, les staphylocoques dorés qui se nourrissent sur nous, dans nos fosses nasales, par exemple, et qui n’attendent qu’un affaiblissement du système immunitaire pour proliférer, nous envahir et nous digérer.

Oui, bon appétit à vous aussi. Songez à vos bactéries cet hiver : couvrez-vous bien.

Mais il y a une symbiose à un niveau encore plus fondamental, au sein même de chacune des milliers de milliards de cellules de notre corps. Vous avez deviné ? Oui, ce sont des stars dans leur genre : les mitochondries !

Ces petites organelles (les sous-unités de la cellule) apportent l’énergie nécessaire au fonctionnement de chaque cellule de peau, de cœur, de foie… Elles sont présentes chez tous les Eucaryotes, bref les organismes qui ont une cellule complexe : animaux, végétaux, champignons et levures, et même les amibes. Et, caractéristique singulière, elles possèdent leur propre ADN, ce qui a mis les scientifiques sur la voie quant à l’origine de ces mitochondries : selon la théorie énoncée par Lynn Margulis, c’étaient au départ des micro-organismes indépendants qui ont été absorbés par l’ancêtres des Eucaryotes – mais pas digérés. Une étrange fusion s’est opérée en ces temps primordiaux, chez ces ancêtres de nos ancêtres, et les proto-mitochondries ont réussi à se faire leur place au sein des cellules eucaryotes, tout comme le journaliste Eddie Brock dans le film à continué à vivre en tant qu’hôte de l’extraterrestre Venom. Ou bien est-ce l’alien qui est la mitochondrie ?

Peu importe, c’est très sympathique de voir l’un des mécanismes fondamentaux de la vie et de l’évolution mis en scène dans un film grand public. Car, comme disait Darwin lui-même, l’évolution est autant affaire de coopération que de compétition.

Certes, les symbioses de ce genre sont rares dans l’histoire de la vie, mais c’est aussi un aspect que le film reflète bien : tous les extraterrestres ne parviennent pas à établir une « relation » viable avec un être humain. Mais pour ceux qui y parviennent, le résultat est extraordinaire.

Et je ne parle même pas des « fossiles » d’anciennes symbioses présents dans notre ADN : des gènes provenant de virus qui ont jadis infecté nos ancêtres, mais qui ont été conservés parce qu’ils apportaient des avantages. Comme pour permettre au bébé, chez les mammifères, de ne pas être rejeté par l’organisme de la mère : il devait à l’origine servir à un virus à ne pas être attaqué par le système immunitaire !

Et c’est un autre genre de parasitisme et de symbiose. Le film n’explore guère cet aspect, ayant un personnage principal masculin, mais qui sait, lors d’une suite, peut-être…

P. S. J’oubliais de le mentionner, mais ce Venom fonctionne aussi comme une version plus optimiste du classique de l’horreur et de la SF de John Carpenter, The Thing. Le plan d’ouverture est d’ailleurs identique. Tant qu’à emprunter, que ce soit aux meilleurs.

Le cas Jean-Pierre Petit, de la complexité des sciences aux pièges de l’imagination

Encore un épisode à ne pas manquer du balado Scepticisme scientifique, où cette-fois Nicolas Gauvrit se penche sur le cas étrange de Jean-Pierre Petit, physicien, vulgarisateur scientifique, auteur de bandes dessinées… Mais aussi persuadé de l’existence d’une vaste conspiration impliquant le Pentagone, la quasi-totalité des scientifiques américains, et des extraterrestres tour à tour timides et amateurs de publicité, les (trop?) fameux Ummites.

Cela fait beaucoup pour un seul homme? Oui et non. Le cas de chercheurs scientifiques, souvent brillants, se fourvoyant à un moment ou un autre de leur carrière en direction de la pensée irrationnelle est quasiment un classique.

(On pourra par exemple utilement se référer au bouquin de Michael Schermer, Why People Believe Weird Things, 1997).

J.-P. Petit est ici en bonne compagnie, avec des Prix Nobel comme Linus Pauling et sa croyance en l’effet miraculeux des mégadoses de vitamine C, ou Luc Montagnier et son soutien à la très vaseuse « mémoire de l’eau »; ou encore avec la microbiologiste américaine Lynn Margulis, qui s’est fait un nom en présentant dans les années 1960 la théorie, alors révolutionnaire mais aujourd’hui largement acceptée, de l’origine symbiotique des organelles (les mitochondries et autres structures internes des cellules eucaryotes, y compris celles du corps humain) – mais qui depuis plusieurs années soutient envers et contre tout que la sélection naturelle ne joue pas un rôle important dans l’évolution, mais que ce rôle est dévolu aux symbioses; que les papillons n’ont pas évolué à partir d’une espèce d’insecte primitif, mais par symbiose poussée entre différentes espèces d’invertébrés (au passage, le pauvre Buffon, avec son critère de non-interfécondité, doit se retourner dans sa tombe); et que les agents infectieux de diverses maladies, notamment le Sida, ne suffisent pas à déclencher la maladie, mais qu’il y faut aussi la présence de… oui, vous l’avez deviné, de symbioses!

La ressemblance avec le cas Petit est frappante. Pour lui, le dada favori, le cheval de bataille, ce sont probablement les espoirs déçus quant au développement de nouvelles méthodes de propulsion (sur lesquelles il avait travaillé sans recevoir du CNRS le soutien qu’il pensait dû à des pistes qui semblaient prometteuses) qui ont pu le prédisposer à croire que c’était possible quand même, quelque part, de quelque façon, peut-être par des extraterrestres plus avancés que nous? Et pourquoi pas avec la complicité des nos éternels rivaux d’outre-Atlantique, dont le Département de la défense finance bel et bien toutes sortes de recherches, depuis ARPANET jusqu’à certains phénomènes de psychologie sociale?

Et pourquoi ne pas sauter un peu plus dans la spéculation en imaginant qu’extraterrestres et armée américaine tirent les ficelles de tout ce qui se passe, ou presque, de la recherche en aéronautique jusqu’aux attentats du 11 Septembre?

(Intéressante coïncidence: Lynn Margulis aussi a des penchants « Truthistes ».)

On pourrait se contenter de hocher tristement la tête en marmonnant « Plus dure sera la chute… » et passer à autre chose. Mais ce que fait Nicolas Gauvrit, dans cet Épisode 118 du balado, c’est de chercher à comprendre comment on passe de l’intuition scientifique hors du commun, mais féconde, à la théorie carrément irrationnelle et coupée de la réalité.

Du moins de toute réalité tangible, testable, réfutable. Par exemple, puisque les lettres des mystérieux Ummites contenaient des concepts scientifiques qui lui semblaient extrêmement avancés, et qui lui ont permis (à ce qu’il raconte) de progresser dans ses recherches, Jean-Pierre Petit en a conclu qu’elles ne pouvaient venir d’un banal terrien, mais d’une espèce ultra-intelligente. Surtout quand ces lettres disaient du bien de la sienne, d’intelligence…

L’hypothèse d’un canular monté par un banal terrien qui aurait eu à la fois une solide culture scientifique et un sens de l’humour bizarre ne l’a donc pas effleuré; alors que c’est quand même la première idée qui m’est venue à l’esprit en entendant le compte-rendu de Nicolas Gauvrit, avant même la mention de José Luis Jordán Peña – peut-être que les ufologues devraient lire plus de romans policiers?

Ou bien juste réviser le principe du rasoir d’Occam. Vous savez, que l’hypothèse qui fait intervenir le moins de suppositions est probablement la plus proche de la réalité? Une règle utile pour éviter de perdre le contact…

Dans le même genre, je ne saurais trop recommander aux gens attirés par les théories du complot de méditer un autre principe, dit du rasoir de Hanlon: ne jamais attribuer à une intention malveillante ce que la stupidité (donc l’incompétence et/ou une mauvaise organisation) suffit à expliquer.

Ce qui nous amène à un épisode cité par Gauvrit vers la fin du balado, quand il explique pourquoi Jean-Pierre Petit a pu se sentir à l’étroit dans le cadre de l’institution qu’est le CNRS, avec son esprit bouillonnant de créativité et prompt à voir des liens entre éléments parfois un peu trop éloignés. Petit raconte (et ici, on est obligé de le croire, donc je prendrai l’anecdote avec un grain de sel jusqu’à preuve du contraire) qu’un jour, sa hiérarchie au CNRS lui aurait envoyé une lettre l’enjoignant d’être moins créatif, bref de ne plus s’intéresser à des voies parallèles de recherche mais de se contenter de suivre le programme décidé. En somme, de rentrer dans le rang.

Si c’est vrai, c’est bien dommage pour le CNRS. Comment décourager des éléments qui pourraient être brillants et les lancer dans l’impasse scientifique (quoique fort médiatique) des pseudo-sciences…

Ici, on me pardonnera une réflexion tirée de mon expérience personnelle. Je ne travaille pas moi-même dans la recherche, ni l’enseignement des sciences, mais il se trouve que j’ai poursuivi jusqu’au troisième cycle une formation universitaire en biologie. Stages dans des labos, mémoires de recherche et fréquentation d’enseignants-chercheurs mais aussi de chercheurs d’un institut de recherche publique, l’INRA, m’ont appris une chose ou deux sur la façon dont fonctionne la science moderne.

C’est à la fois très simple et très compliqué: en équipe.

Je me souviens de l’ennui qu’il y avait à répéter dix fois la même série de gestes pour préparer une manip biochimique à l’INRA, mais aussi de la précision nécessaire à chaque fois, parce que votre manip sera ensuite utilisée par d’autres personnes, et leurs résultats ne peuvent être considérés comme valides s’ils sont contaminés à cause de votre inattention. Ou pire, si vous vous imaginez que vos idées valent mieux que les autres et que vous modifiez le protocole expérimental sans en référer à personne, juste parce que ça semble une bonne idée… Bref, oui, il peut être dangereux pour un chercheur de ne suivre que son intuition et de « sortir des cadres ».

Je me souviens d’un prof de génétique des populations dont la passion était les papillons, qui était capable d’arriver en retard en cours parce qu’il avait aperçu un spécimen rare et avait pris une photo, mais qui aimait à dire: « Je connais ma place dans notre groupe de recherche, ce n’est pas le décideur, mais la boîte à idées. »

Il reconnaissait lui-même qu’il n’avait pas l’esprit fait pour les questions administratives, ni pour organiser un groupe de personnes, ni pour décrocher des bourses et des financements auprès des organismes publics, des fondations et des  entreprises. Mais, heureusement pour lui, il avait trouvé place au sein d’une équipe qui appréciait ses contributions dans les séances de brainstorming, sa capacité à rapprocher des secteurs apparemment distincts (les variations génétiques chez certains papillons sud-américains lui faisaient penser à ceux d’un groupe de plantes de Corse, par exemple), et où les idées spéculatives n’étaient pas oubliées mais notées, au cas où… Et il arrivait qu’on était bien content de les avoir, parfois, pour sortir d’une impasse rencontrée dans une voie plus classique de recherche.

Au fond, ce qui est parfois difficile, en science, c’est qu’il faut être tantôt extrêmement audacieux, tantôt extrêmement humble. Des qualités contradictoires et qui peuvent être difficiles à réunir chez un seul individu, certes… Mais lorsqu’un groupe parvient à créer les conditions pour faire fonctionner de concert différents types d’intelligence (dirait-je en symbiose, Ms. Margulis?), alors qui sait à quoi ils peuvent arriver tous ensemble?

Cela nous a déjà emmenés sur la Lune et dans les profondeurs de l’océan, permis de manipuler jusqu’au code génétique des êtres vivants, d’observer les particules élémentaires tout comme les confins de l’univers visible – et même le complexe fonctionnement en temps réel du cerveau humain.

En passant

La sélection naturelle a encore frappé! Après les super-bactéries anti-antibiotiques, voici des souches de « super-souris » qui ont développé une résistance à la warfarine et autres poisons communément utilisés contre la prolifération des rongeurs. Temps pour les chats souriciers (et chiens … Lire la suite

Les empreintes ADN de la Peste Noire

C’est l’étalon-or des fléaux, la mère de toutes les pandémies, l’épisode qui a donné au mot « peste » toutes ses sinistres résonances… C’est la Peste Noire, celle qui ravagea successivement l’Asie et l’Europe au milieu du XIVe siècle, tuant chez nous entre 30% et 50% de la population.

Évaluations données à la louche, évidemment. Il y a beaucoup de choses que l’on discute encore à propos de cette pandémie, mais l’une d’elles vient cependant d’être élucidée, grâce aux travaux d’une équipe internationale et interdisciplinaire, mais essentiellement européenne (Cf. l’article signé par Stephanie Haensch et al. dans PLoS Pathogens, dont j’ai trouvé la référence grâce au blogue de Jerry Coyne): l’agent infectieux était bien le bacille Yersinia pestis, une charmante petite bactérie véhiculée par les puces des rongeurs, et susceptible, dans certaines conditions, d’infecter aussi l’être humain. (Tant pis pour notre ego, d’ailleurs: les rats sont bien les victimes préférées de ce germe pathogène, et nous autres figurons surtout comme « victimes collatérales »!)

On avait déjà isolé l’ADN de Y. pestis dans une fosse commune contenant les restes de victimes de la peste de Marseille des années 1720 (la dernière grande épidémie de peste à avoir frappé l’Europe). Avec un résultat similaire obtenu pour des charniers associés à la Peste Noire médiévale dans différentes parties d’Europe, voilà qui confirme le rôle éminent joué par cette bactérie dans l’histoire.

C’est déjà passionnant en soi. Mais j’avoue que cette histoire d’ADN microbien isolé dans des charniers médiévaux me titille le sens littéraire… C’est un peu le scénario utilisé par Connie Willis dans Le Grand Livre, au fond! Bon, d’accord, vous me direz que contrairement à certain épisode du roman, il a fallu pas mal de travail pour récupérer et amplifier les fragments d’ADN, justement… Ah, la différence entre science et fiction!

Génétiquement optimisé ? (sur un petit air de Soleil Vert…)

Un peu de musique mutante avec Magnatune et un drôle de « savant fou » des claviers et consoles, le Québécois Soleil Vert :

Génétiquement modifie by Soleil Vert

Cela dit, j’aime bien sa musique, mais la philosophie du gars donne une curieuse impression de double pensée. Ou comment se rêver bio tout en créant de la musique synthétique

« Soleil Vert » est le résultat d’une prise de contact avec la nature. Cette expérience m’a fait réaliser comment nous, les êtres humains, étions liés à la nature. Nos corps sont fait pour habiter la planète Terre, nous sommes des êtres biologiques, dépendants de l’écologie terrestre. Rien ne peut remplacer notre environnement naturel comme système de support vital. La nature est aussi une source d’émotions profondes et un sentiment d’être en contact avec les éléments qui est souvent oublié aujourd’hui.

Voui, voui.

À part ça, l’esthétique de l’album concept Génétiquement modifié est toute en « séquences interrompues, épissage de fragments », « inspirée par les techniques utilisées pour la modification d’organismes vivants au niveau cellulaire, en utilisant de l’ADN étranger… transposées en manipulation de son et de textures ».

De quoi rappeler l’œuvre d’un autre compositeur inspiré par les découvertes et les méthodes de la génétique : Peter Genaa, qui lui part carrément de séquences d’ADN, d’ARN ou de protéines pour les transformer en sons. Quatre nucléotides, sept notes de la gamme : au fond, c’est une affaire de transcription…

Et c’est une autre façon de vivre notre connexion à cette nature biologique dont nous sommes issus.