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Joyeux parasites et bonne année

L’anti-héros de l’histoire… (Venom, 2018, Sony Pictures)

J’avais raté le film Venom lors de sa sortie, mais quelqu’un me l’a récemment conseillé, alors j’ai fait du rattrapage. Très bon tuyau ! Si on aime les films de super-héros, la SF ou juste les histoires un peu déjantées, il y a de quoi passer un bon moment.

Mais ce film est intéressant aussi à un autre niveau, et je ne parle pas du message politique qui court tout au long de l’histoire sur les mégacorporations, le militarisme et la xénophobie. On m’avait parlé des thèmes anti-Trump du film, mais le « méchant » est plutôt une espèce d’Elon Musk sous acide : un génie avec sa propre flotte de vaisseau spatiaux et un furieux désir de se hisser sur le piédestal d’un dieu. Tout cela est assez banal, mais ce qui l’est moins, c’est que la « créature » ne finit pas comme celle de Frankenstein : le mot clef ici est « symbiose »…

Et c’est là que j’ai vraiment apprécié le film, pour cette représentation fascinante de deux organismes en train d’essayer d’occuper le même espace au même moment. Qu’est-ce d’autre, sinon ce qui se joue à chaque instant dans notre corps, au niveau le plus fondamental ?

Prenez le microbiote, par exemple. On a tous entendu parler de ces bactéries commensales qui logent dans notre injures et nous aident à tirer partie des aliments. Mais il n’y a pas que l’intestin : la surface de la peaux et des muqueuses, tous les replis et anfractuosités sont colonisés par des bactéries qui ont le grand intérêt pour nous d’occuper le terrain et de rendre plus difficile pour des organismes pathogènes de s’y installer. Il y a à peu près autant de cellules microbiennes sur et dans le corps humain qu’il n’y a de cellules du corps lui-même. (Les premières estimations, qui donnaient un rapport d’une cellule du corps pour 10 de microbes, étaient surévaluées, mais c’est déjà une quantité impressionnante.)

Quand, dans le film, on voit le « Symbiote » lutter avec un hôte potentiel, quand ils se disputent au sujet de la nourriture nécessaire pour leur survie à tous deux, ou que le Symbiote commence à consommer les organes de l’hôte, c’est un peu ce qui se passe au niveau de nos tissus avec, mettons, les staphylocoques dorés qui se nourrissent sur nous, dans nos fosses nasales, par exemple, et qui n’attendent qu’un affaiblissement du système immunitaire pour proliférer, nous envahir et nous digérer.

Oui, bon appétit à vous aussi. Songez à vos bactéries cet hiver : couvrez-vous bien.

Mais il y a une symbiose à un niveau encore plus fondamental, au sein même de chacune des milliers de milliards de cellules de notre corps. Vous avez deviné ? Oui, ce sont des stars dans leur genre : les mitochondries !

Ces petites organelles (les sous-unités de la cellule) apportent l’énergie nécessaire au fonctionnement de chaque cellule de peau, de cœur, de foie… Elles sont présentes chez tous les Eucaryotes, bref les organismes qui ont une cellule complexe : animaux, végétaux, champignons et levures, et même les amibes. Et, caractéristique singulière, elles possèdent leur propre ADN, ce qui a mis les scientifiques sur la voie quant à l’origine de ces mitochondries : selon la théorie énoncée par Lynn Margulis, c’étaient au départ des micro-organismes indépendants qui ont été absorbés par l’ancêtres des Eucaryotes – mais pas digérés. Une étrange fusion s’est opérée en ces temps primordiaux, chez ces ancêtres de nos ancêtres, et les proto-mitochondries ont réussi à se faire leur place au sein des cellules eucaryotes, tout comme le journaliste Eddie Brock dans le film à continué à vivre en tant qu’hôte de l’extraterrestre Venom. Ou bien est-ce l’alien qui est la mitochondrie ?

Peu importe, c’est très sympathique de voir l’un des mécanismes fondamentaux de la vie et de l’évolution mis en scène dans un film grand public. Car, comme disait Darwin lui-même, l’évolution est autant affaire de coopération que de compétition.

Certes, les symbioses de ce genre sont rares dans l’histoire de la vie, mais c’est aussi un aspect que le film reflète bien : tous les extraterrestres ne parviennent pas à établir une « relation » viable avec un être humain. Mais pour ceux qui y parviennent, le résultat est extraordinaire.

Et je ne parle même pas des « fossiles » d’anciennes symbioses présents dans notre ADN : des gènes provenant de virus qui ont jadis infecté nos ancêtres, mais qui ont été conservés parce qu’ils apportaient des avantages. Comme pour permettre au bébé, chez les mammifères, de ne pas être rejeté par l’organisme de la mère : il devait à l’origine servir à un virus à ne pas être attaqué par le système immunitaire !

Et c’est un autre genre de parasitisme et de symbiose. Le film n’explore guère cet aspect, ayant un personnage principal masculin, mais qui sait, lors d’une suite, peut-être…

P. S. J’oubliais de le mentionner, mais ce Venom fonctionne aussi comme une version plus optimiste du classique de l’horreur et de la SF de John Carpenter, The Thing. Le plan d’ouverture est d’ailleurs identique. Tant qu’à emprunter, que ce soit aux meilleurs.

Si on ne trouve pas de vie extra-terrestre, il n’y a plus qu’à la fabriquer

D’accord, la fameuse annonce de la Nasa était surtout un joli morceau de hype

Mais le résultat final est – presque – aussi intéressant que la découverte d’une vie extra-terrestre: on a réussi à cultiver une bactérie terrestre dans des conditions telles qu’elle remplace le phosphore de son ADN par de l’arsenic.

Pourquoi l’arsenic? Parce qu’il se trouve (symbole chimique: As) dans la même colonne du tableau périodique des éléments que le phosphore (symbole P), ce qui veut dire que tous les deux ont des propriétés chimiques proches. L’arsenic peut donc (dans certaines conditions) remplacer le phosphore dans les réactions biochimiques, jouer son rôle dans les cellules, quoi.

La bactérie utilisée dans cette étude (Felisa Wolfe-Simon et al., Science) vit à l’état naturel dans un lac saumâtre aux eaux riches en arsenic. Elle tolère donc bien la toxicité (on parle de bactérie extrémophile. Mais la nouveauté vient de ce qui se passe lorsqu’on cultive cette bactérie dans un milieu non seulement riche en arsenic, mais dépourvu de phosphore

Normalement, le phosphore est l’un des éléments indispensables à la vie. L’ion phosphate (PO43-) entre notamment dans la composition de l’ADN et de l’ARN des cellules. Notre bactérie semble bien cependant avoir survécu sans, en remplaçant apparemment l’ion phosphate par un ion arséniate (AsO43-), bref en utilisant de l’arsenic à la place du phosphore jusque dans son matériel génétique. (NB: je dis « apparemment », parce que le résultat est contesté, ce qui est normal en science. Il faudrait maintenant que l’expérience soit répliquée par d’autres équipes pour qu’on en soit sûr à 100%.)

Pourquoi est-ce tellement intéressant? Pourquoi parle-t-on de résultat qui peut bouleverser nos conceptions en biologie?

Parce que, si cette expérience est confirmée, elle montre que la vie telle que nous la connaissons, basée sur l’acide désoxyribonucléique à base de carbone, hydrogène, oxygène, azote et phosphore, n’est pas la seule possible dans l’univers.

Conséquence pour la recherche de vie extraterrestre: ce résultat offre de nouvelles pistes pour la détection de traces de bactéries sur d’autres planètes, en étudiant la composition chimique de leur atmosphère. En gardant à l’esprit qu’en plus du cycle biochimique que nous connaissons, il y en a peut-être un autre possible, où le phosphore serait remplacé par l’arsenic…

Les empreintes ADN de la Peste Noire

C’est l’étalon-or des fléaux, la mère de toutes les pandémies, l’épisode qui a donné au mot « peste » toutes ses sinistres résonances… C’est la Peste Noire, celle qui ravagea successivement l’Asie et l’Europe au milieu du XIVe siècle, tuant chez nous entre 30% et 50% de la population.

Évaluations données à la louche, évidemment. Il y a beaucoup de choses que l’on discute encore à propos de cette pandémie, mais l’une d’elles vient cependant d’être élucidée, grâce aux travaux d’une équipe internationale et interdisciplinaire, mais essentiellement européenne (Cf. l’article signé par Stephanie Haensch et al. dans PLoS Pathogens, dont j’ai trouvé la référence grâce au blogue de Jerry Coyne): l’agent infectieux était bien le bacille Yersinia pestis, une charmante petite bactérie véhiculée par les puces des rongeurs, et susceptible, dans certaines conditions, d’infecter aussi l’être humain. (Tant pis pour notre ego, d’ailleurs: les rats sont bien les victimes préférées de ce germe pathogène, et nous autres figurons surtout comme « victimes collatérales »!)

On avait déjà isolé l’ADN de Y. pestis dans une fosse commune contenant les restes de victimes de la peste de Marseille des années 1720 (la dernière grande épidémie de peste à avoir frappé l’Europe). Avec un résultat similaire obtenu pour des charniers associés à la Peste Noire médiévale dans différentes parties d’Europe, voilà qui confirme le rôle éminent joué par cette bactérie dans l’histoire.

C’est déjà passionnant en soi. Mais j’avoue que cette histoire d’ADN microbien isolé dans des charniers médiévaux me titille le sens littéraire… C’est un peu le scénario utilisé par Connie Willis dans Le Grand Livre, au fond! Bon, d’accord, vous me direz que contrairement à certain épisode du roman, il a fallu pas mal de travail pour récupérer et amplifier les fragments d’ADN, justement… Ah, la différence entre science et fiction!

Génétiquement optimisé ? (sur un petit air de Soleil Vert…)

Un peu de musique mutante avec Magnatune et un drôle de « savant fou » des claviers et consoles, le Québécois Soleil Vert :

Génétiquement modifie by Soleil Vert

Cela dit, j’aime bien sa musique, mais la philosophie du gars donne une curieuse impression de double pensée. Ou comment se rêver bio tout en créant de la musique synthétique

« Soleil Vert » est le résultat d’une prise de contact avec la nature. Cette expérience m’a fait réaliser comment nous, les êtres humains, étions liés à la nature. Nos corps sont fait pour habiter la planète Terre, nous sommes des êtres biologiques, dépendants de l’écologie terrestre. Rien ne peut remplacer notre environnement naturel comme système de support vital. La nature est aussi une source d’émotions profondes et un sentiment d’être en contact avec les éléments qui est souvent oublié aujourd’hui.

Voui, voui.

À part ça, l’esthétique de l’album concept Génétiquement modifié est toute en « séquences interrompues, épissage de fragments », « inspirée par les techniques utilisées pour la modification d’organismes vivants au niveau cellulaire, en utilisant de l’ADN étranger… transposées en manipulation de son et de textures ».

De quoi rappeler l’œuvre d’un autre compositeur inspiré par les découvertes et les méthodes de la génétique : Peter Genaa, qui lui part carrément de séquences d’ADN, d’ARN ou de protéines pour les transformer en sons. Quatre nucléotides, sept notes de la gamme : au fond, c’est une affaire de transcription…

Et c’est une autre façon de vivre notre connexion à cette nature biologique dont nous sommes issus.